Awal mula adanya konsep pendirian Perguruan Tinggi Agama Islam di Kediri dimulai dengan berkumpulnya para ulama yang didukung oleh oleh Bupati Kediri, yakni Imam Koesoebagyo, pada tahun 1960. Para ulama tersebut adalah KH. Mahfudh, KH. Syafi’i Marzuki, KH. Mahrus Ali, KH.Ali Mashar, dan KH. Anwar Zen. Bupati Kediri, yakni Imam Kusubagyo, dalam hal ini termasuk tokoh atau pejabat yang cukup pro-aktif dalam hal rencana pendirian Perguruan Tinggi Agama Islam. Selain itu ia juga merupakan sosok dari anggota Partai Nasionalis Indonesia (PNI), tetapi memiliki kultur keislaman (NU) yang cukup kuat. Oleh karenanya, pada saat pencalonan Bupati Kediri, ia mendapat dukungan kuat dari umat Islam, khususnya dari kaum nahdliyin. Jadi, tak mengherankan jika ia memiliki semangat tinggi untuk mendirikan Perguruan Tinggi Agama Islam.

Setelah melakukan berbagai upaya untuk mendirikan lembaga pendidikan tinggi termasuk beberapa pertemuan, barulah pada tahun 1962 panitia persiapan pendirian lembaga pendidikan tinggi di Kediri berhasil mendirikan Sekolah Persiapan (SP) IAIN. Sekolah ini diresmikan oleh Menteri Agama RI, yakni Sjaifudin Zuhri, pada tahun 1962. Lantas pada tahun 1964 berbekal SP IAIN yang menginduk ke IAIN Sunan Ampel didirikan dan diresmikanlah Fakultas Ushuluddin. Pendirian Fakultas Ushuluddin di Kediri didasarkan pada Keputusan Menteri Agama RI No. 33 tahun 1964 tertanggal 16 Juli 1964.

Setelah Fakultas Ushuluddin IAIN Sunan Ampel Cabang Kediri berumur lebih kurang 32 tahun, pada tahun 1997 pemerintah menetapkan peraturan baru bahwa perguruan tinggi cabang harus berdiri sendiri. Fakultas Ushuluddin Sunan Ampel cabang Kediri berdasarkan Keputusan Presiden (Keppres) Nomor 11 tahun 1997 akhirnya secara resmi berdiri sendiri dan ditetapkan sebagai Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Kediri. Setelah menjadi STAIN, perguruan tinggi ini tidak memiliki hubungan struktural lagi dengan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Ampel Surabaya. Secara struktural STAIN Kediri berada di bawah Dirjen Perguruan Tinggi Islam Departemen Agama. Secara manajerial juga telah mandiri. Pengangkatan pegawai, penentuan pemimpin, dan anggaran telah memiliki kewenangan sendiri.

Untuk memperkuat kelembagaan dan menumbuhkan kepercayaan masyarakat terhadap STAIN Kediri dalam menghasilkan lulusan yang profesional sebagai upaya memenuhi kebutuhan dunia akan ilmu dan teknologi yang moralistis, serta kebutuhan pragmatis akan Sumber Daya Manusia (SDM) dalam pembangunan, maka dipandang perlu pengembangan keilmuan dengan membuka program studi baru. Dengan adanya tanggapan positif dari Dirjen Bagais Depag RI atas pengajuan pendirian progam studi baru, akhirnya STAIN Kediri memiliki semakin memiliki progam studi yang bervariasi.

Kurun beberapa tahun, tepatnya di tahun 2018, STAIN Kediri selalu berbenah dan semakin berkembang dengan pesatnya sehingga berubahlah kedudukan menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Kediri.