Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri di Kediri, yang sekarang dikenal dengan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Kediri, berawal dari munculnya gagasan para tokoh masyarakat Jawa Timur pada tahun 1961. Gagasan itu berupa keinginan untuk memiliki Perguruan Tinggi Agama Islam yang bernaung di bawah Departemen Agama Republik Indonesia.

Untuk mewujudkan cita-cita tersebut, para ulama dan tokoh masyarakat Jawa Timur pada tahun itu juga mengadakan pertemuan di Jombang, Jawa Timur. Pertemuan yang bersejarah tersebut menghasilkan beberapa keputusan, diantaranya :

• Membentuk Panitia Pendirian Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN);
• Mendirikan Fakultas Syari’ah di Surabaya;
• Mendirikan Fakultas Tarbiyah di Malang; dan
• Selanjutnya, pada tanggal 28 Oktober 1961 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 17 Tahun 1961, diresmikan berdirinya 2 (dua) fakultas, yaitu Fakultas Syari’ah di Surabaya yang dipimpin oleh Prof. K.H.M. Syafi’i Karim dan Fakultas Tarbiyah di Malang yang dipimpin Prof. Mr. Koesnoe. Kemudian, pada tanggal 1 Oktober 1964, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kompartemen Urusan Agama Nomor 66 Tahun 1964, diresmikan Fakultas Ushuluddin di Kediri yang dipimpin oleh K.H. A. Zaini.

Pada saat diresmikan, ketiga fakultas tersebut belum memiliki fasilitas yang diperlukan seperti gedung, ruang kuliah, perkantoran dan segala prasarana penunjangnya. Oleh karena itu, atas saran dan partisipasi para ulama dan tokoh Nahdlatul Ulama Jawa Timur, Fakultas Syariah ditempatkan di Gedung

Taman Pendidikan Putri Nahdlatul Ulama di Jl. A. Yani 2-4 Wonokromo, Surabaya. Sedangkan Fakultas Tarbiyah Malang ditempatkan di Gedung Tarbiyah wa Ta’lim NU, Jl. Dinoyo Malang dan Fakultas Ushuluddin Kediri ditempatkan di gedung SMAN 1 Jl. Veteran, Kediri.

Pada tanggal 5 Juli 1965, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 20 Tahun 1965, ketiga fakultas tersebut diresmikan sebagai Institut Agama Islam Negeri Sunan Ampel yang berkedudukan di Surabaya (selanjutnya disebut IAIN Sunan Ampel).

Sunan Ampel adalah nama seorang wali yang amat terkenal, bahkan sangat melekat di hati masyarakat Islam Jawa Timur. Beliau adalah sesepuh dan guru dari para mujahid yang terkenal dengan sebutan Wali Songo. Nama asli beliau adalah R. Rahmatullah, disebut dengan Sunan Ampel karena lembaga pendidikan yang beliau asuh berpusat di kota Ampel Denta, Surabaya. Kiranya untuk melanjutkan cita-cita perjuangan beliau itulah maka Sunan Ampel diabadikan sebagai nama IAIN milik masyarakat Jawa Timur ini.

Pada kurun waktu 1966–1970 IAIN Sunan Ampel tumbuh dengan pesat. Tiga fakultas yang ada berkembang menjadi 18 fakultas di daerah-daerah yang tersebar di tiga propinsi: Jawa Timur, Kalimantan Timur dan Nusa Tenggara Barat. Namun pada akhir periode 1971–1975, akreditasi kualitas fakultas di IAIN Sunan Ampel mulai dilaksanakan. Hasilnya, lima fakultas yang berlokasi di Bangkalan, Pasuruan, Lumajang, Sumbawa dan Bima dengan terpaksa ditutup dan digabungkan dengan fakultas sejenis yang domisilinya berdekatan dengan fakultas-fakultas tersebut.

Berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 33 Tahun 1985, satu fakultas lagi dilepas, yaitu Fakultas Tarbiyah Samarinda, Kalimantan Timur, yang selanjutnya diserahkan kepada IAIN Antasari di Banjarmasin, Kalimantan Selatan.

Bersamaan dengan itu, Fakultas Tarbiyah Bojonegoro dipindahkan ke Surabaya.

Dalam pelaksanaan pendidikan, Fakultas Ushuluddin Kediri pada mulanya hanya menyelenggarakan Program Sarjana Muda (BA). Karena tuntutan dan perkembangan masyarakat sekitarnya untuk mendapatkan tingkat pendidikan yang lebih tinggi, maka dibuka Program Doktoral (Sarjana Lengkap) Jurusan Perbandingan Agama (PA).

Keinginan untuk mengembangkan IAIN Sunan Ampel selalu mendorong para pimpinannya untuk bekerja keras dalam rangka memberikan pelayanan pendidikan tinggi kepada masyarakat di wilayah Karesidenan Kediri. Karena di wilayah Kediri banyak sekali lembaga pendidikan pondok pesantren, maka pada tahun 1994-1995 dibuka Program Studi Tafsir Hadits. 

Untuk meningkatkan efisiensi, efektifitas dan kualitas pendidikan di IAIN dipandang perlu adanya penataan terhadap fakultas-fakultas di IAIN yang berlokasi di luar IAIN induk. Maka melalui Surat Keputusan Presiden Nomor 11 Tahun 1997 berdirilah Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) sebagai nama pengganti dari fakultas-fakultas cabang yang berada di luar IAIN induk pada beberapa IAIN di seluruh Indonesia, termasuk Fakultas Ushuluddin Kediri IAIN Sunan Ampel.

Berdasarkan Keputusan Presiden tersebut maka Fakultas Ushuluddin Kediri secara kelembagaan lepas dari IAIN Sunan Ampel Surabaya menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Kediri. 

Selama 20 tahun tumbuh dan berkembang, STAIN Kediri telah menjelma menjadi PTKIN yang patut diperhitungkan ditingkat nasional. Terbukti selama 3 tahun berturut turut sejak 2016-2018, STAIN Kediri memperoleh penghargaan sebagai perguruan tinggi paling diminati untuk level Sekolah Tinggi Agam Islam Negeri se Indonesia.

Jumlah program studi yang dikelola juga bertambah dari tahun ke tahun. Jika pada awal berdiri tahun 1997 hanya ada 2 program studi, maka pada tahun 2018 STAIN Kediri telah mengelola 17 program studi S1 dan 6 program studi S2.

Untuk memperluas rumpun Ilmu Agama Islam dan memenuhi tuntutan perkembangan masyarakat, maka pada tahun 2018, Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Kediri secara resmi bertransformasi menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Kediri. Perubahan ini berdasarkan pada Peraturan Presiden RI Nomor 26 Tahun 2018.

Berdasarkan Peraturan Menteri Agama RI Nomor 32 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Kediri, maka sekarang di IAIN Kediri terdapat empat Fakultas, yakni Fakultas Ushuluddin Dan Dakwah, Fakultas Tarbiyah, Fakultas Syariah dan Fakultas Ekonomi Dan Bisnis Islam.